In het warme, vochtige klimaat valt met uitzondering van het oosten van Indonesië veel regen, veel meer dan de 800 mm jaarlijks in Nederland. Zo valt er op Sulawesi 3000 mm in een jaar en Sumatra komt lokaal boven de 4000 mm uit. Delen van Indonesië zijn de meest onweersrijke van de wereld. Bogor op Java heeft met jaarlijks 322 onweersdagen bijna elke dag onweer. De buien vallen vooral in de namiddag, de ochtenden zijn vaak zonnig en droog.

Regen valt vooral in de periode november-maart. De maanden juni-september zijn zeer droog in het midden en oosten van Java, op Bali, het zuiden van Sulawesi, Flores en Timor. Vanaf oktober neemt de regen vanuit het westen toe: de regentijd begint in Sumatra en loopt dan door naar het oosten. De moessonregens vallen in de maanden november-maart. In het zuiden van Sumatra bijvoorbeeld valt dan maandelijks tussen 400 en 700 mm, tegen 10 tot 15 mm in augustus en september.

In de noordelijk gelegen delen van Indonesië valt het hele jaar veel regen, maar van juni tot september regent het er wat minder. De zwaarste regen valt hier van december tot maart, maar de hoeveelheden (tussen ongeveer 100 en 400 mm in de maand) variëren sterk met de hoogte en de richting van de bergen. Vooral de west- en zuidkust zijn nat.