Het verloop van verschillende aspecten van El Niño over de afgelopen acht jaar (bron NCEP/CPC)
Normaal is de oostelijke Stille Oceaan relatief koel. Een stevige oostenwind, de passaat, blaast dan water richting Indonesië, zodat het water in de oostelijke Stille Oceaan geen kans krijgt om warmer te worden. In oktober heeft een sterke westenwind warm water naar het oosten geblazen. De zeewatertemperatuur langs de evenaar in de Stille Oceaan is daardoor inmiddels 1,5 tot 2 graden hoger dan normaal.

Onder zulke omstandigheden verandert de luchtdrukverdeling, verzwakt de passaat of valt de wind helemaal weg. Gevolg is dat het warme water "stil" blijft liggen. Deze evenwichtstoestand met warm oceaanwater, wordt El Niño genaamd, in dit geval een vrij sterke El Niño.

El Niño heeft in grote delen van de wereld effect heeft op het weer. Deze effecten zijn het sterkst in het brongebied op de Stille Oceaan, waar de regenzone in Zuid-Oost Azië verder de oceaan optrekt. In Europa zijn de effecten zo zwak dat een verwachting onmogelijk is. Gemiddeld regent het iets meer in het voorjaar na een El Niño, maar dat komt lang niet altijd uit.

El Niño zorgt meestal ook voor gemiddeld warmer weer in grote delen van de wereld, vooral in de tropen en zuidelijk Afrika. Deze opwarming is het sterkst een paar maanden na de piek van El Niño.